1. Уметь устанавливать lamp/wamp (шикарно, если вообще уметь установить все с нуля, отдельно apache/nginx отдельно php и подключить к веб серверу, отдельно *sql), но в принципе просто поднять рабочую конфигурацию под сайт - крайне полезно
2. Обязательно иметь понимание о файловой системе (права доступа, как создать и где какие есть ссылки, точки монтирования)
3. Уметь работать с удаленными файлами (ssh, ftp), чтобы понимать куда и как можно что-то залить
4. Хорошо уметь посмотреть лог файл от ваших сервисов (например лог файл веб-сервера, чтобы понять что не так)
Ну хотя бы так.
