Или, быть может, скрипт для AutoHotKey для слежения за активностью единичной программы.
Желательно, чтобы информацию можно было узнать из трея, подобно программе MemInfo
upd:
Важно дополнить, что целесообразно высчитывать именно взаимодействие, а не время с момента запуска программы и ее простоя.
