Сначала сброс стилей (normalize.css), потом сверху вниз по порядку.
Сначала полностью шапку, потом ниже, ниже, и в самом конце футер.
HTML параллельно с JS/CSS. Как иначе не очень понимаю, придется прыгать туда-сюда и точно можно что-то пропустить.
Чтобы не метаться туда/сюда ставите нормальную IDE вроде PhpStorm/WebStorm, открываете параллельно два файла каждый на пол экрана и вперёд. Ну и желательно большой монитор, но это уже как получается.
