Используя .NET вы повышаете стоимость владения конечного продукта, т.к. вам придется покупать Windows Server (а также вашим заказчикам), и на каждого разработчика купить Visual Studio (ну естественно и Windows). Разрабатывая в Java вы могли бы на многом сэкономить, например мне очень нравится Eclipse, очень мощная IDE, при этом бесплатная. Большое количество бесплатных веб-серверов, со всеми необходимыми инструментами, включая горизонтальное расширение, работу в кластере. А всевозможные платные веб-сервера, типа IBM WebSphere предоставляют дополнительные плюшки, которых в большое количество раз больше, чем IIS.
По поводу того, что в Java куча фраймворков — не берите близко к сердцу, но если при разработке придерживаться стандарта Java EE (которого эти фраймворки должны соблюдать), то вам уже без разницы, под каким сервером будет крутиться ваше Веб-Приложение.
