В любом случае, если вы собираетесь заниматься разработкой web приложений вам придется знать и JavaScript, и основы блочной верстки и еще парочку client side фреймворков, без этого сейчас никак. Если нет опыта в server side делайте упор на server side язык (тот же C#). В процессе работы, когда вы будете сталкиваться с JavaScript, наберете небольшой опыт так сказать на практике, тогда уже можно приступать к изучению тонкостей языка и изучить какой нибудь фреймворк (ember.js, angular.js...).
