Почему Raspberry PI некорректно пишет в файлы?

Собственно имеется у меня малинка c Raspbian'ом, которая тащит некое оборудование и получает с него данные. Данные пишутся в текстовые файлы. Сбор данных осуществляется самописной программой на С/С++. Кроме того, программа тянет из внешней сетевой базы данные и тоже пишет их в файлы. Файлы тянутся программой, написанной на Фортране. Далее эти данные подхватывают скрипты, рисуют красивые графики и т.п..

И в обеих программах в случайные моменты времени наблюдается одинаковый баг - вместо ожидаемой строки в файл падает пачка нулевых байтов длинной с ожидаемую строку (+/- один символ), а потом уже пишется ожидаемая строка. Соответственно скрипты находят в строке нули и графики резко становятся некрасивыми.

Соответственно вопрос: что вообще тут происходит? Ошибка не в программах, поскольку они написаны на разных языках и не имеют ничего общего. Ошибка не в исходных данных, поскольку они берутся из принципиально разных источников. Операционная система? Но где и как она влияет на запись в файлы?