Именно так, как вы описали.
Вообще, если вы используете нативные возможности серверного окружения для приема, передачи, чтения, записи данных по средством файлов, то вы должны морально готовы написать код так, чтобы минимальными ресурсами оперативной памяти (десятки мегабайт) перерабатывать объем данных (сотни мегабайт, гигабайты), расположенный в файлах, кратно превышаемый объем этой оперативной памяти, выделенной для выполнения скрипта.
Поэтому, читать файлы вам в любом случае построчно (еще правильнее - поблочно, с ограничением макс. длины блока), и при обработки блока постоянно вспоминать, а сколько оперативной памяти кушается при получении данных из файла (делать отладку с профилированием памяти), передачи их в функции и методы обработки, до записи результата. Также научитесь вовремя очищать тяжеловесные переменные (внезапно unset окажется не так уж бесполезен).
