git reset основной ветки, из коротой нужно merge убрать.
Потом делаешь git checkout на какой-нибудь коммит из удалённой побочной ветки и создаёшь там ветку заново через git branch
Либо, если тебе нужно удалить изменения только из одного конкретного коммита, но не задеть изменения в коммитах, которые шли после него, то git revert.
Если хочешь совсем его убрать из истории, то git rebase --interactive
