.wrapper-middle, у него в нескольких местах задан z-index: 2, что создаёт новый stacking context. Из-за такого родителя ваше модальное окно с точки зрения z-index расположено не выше значения родителя, то есть 2. Подумайте в эту сторону. Возможно, стоит вынести модальное окно из обёрток и расположить на одном уровне с нижним баром, если это возможно в вашем случае. Всё равно модальному окну задан position: fixed, так что те обёртки не должны быть принципиальными для него.