Как вариант можно создать пустую БД из конфигурации рабочей;
Затем создать План обмена, и настроить его на передачу данных из рабочей в копию;
Наверное можно указать фильтр по нужной организации ...
Сам такое не делал, поэтому предупреждаю : аккуратно с настройками ! Риска конечно - ноль, юзеров из рабочей базы можно не выгонять (только запретить создавать новые документы по переливаемой организации) Сколько будет идти обмен - не знаю, будет ли тормозить работу рабочей - не знаю;
https://its.1c.ru/db/metod8dev/content/3743/hdoc 