Главное отличие?
Update - привязан к FPS, может вызываться и 1 раз в секунду. И deltaTime ты тоже получишь 1с, и если будешь двигать объект, то сразу он у тебя улетит далеко за 1 раз на условный 1м.
FixedUpdate - будет вызывать так часто, как указано в настройках. Даже если он не будет успевать, он будет вызываться столько раз, сколько нужно. Поэтому за туже секунду что у нас вызывается Update при FPS=1 FixedUpdate будет вызван 60 раз (при дефолтных настройках). И следовательно вы подвинете объект на тот же 1м, но всё же за 60 шашков, и возможно у вас где-то в середине пути сработает тригер или ещё что.
