Inplace не получится, но можно в новую:
const sortedMap = new Map([...map.entries()].sort(([, a], [, b]) => b - a));
console.log(sortedMap);
Хотя если сильно хочется, то можно и inplace наколдовать, через очистку и перезапись:
const sorted = [...map.entries()].sort(([, a], [, b]) => b - a);
map.clear();
sorted.forEach(([k, v]) => map.set(k, v));
console.log(map);