направьте вывод в обоих случаях в файлы и сравните эти файлы (посмотрите в шестнадцатиричном просмотрщике), делов то.
либо кодировка разная, либо кто-то (винда, полагаю) BOM в начале строки ставит, либо перенос строки присутствует (он разный в разных ОС).
