Да вполне так можно, Вы ведь потом перекрестных ссылок внутри проектов наставите и все будет тип топ.
Раньше даже поисковики отдавали часть веса поддомена основному домену. Сейчас не знаю, давно так не баловался. Как минус - у вас будет ровно столько движков, сколько поддоменов, я правильно понимаю? Каждый придется обновлять и следить.
