если уверены, что бд, то лог медленных запросов (и разбор, начиная с самых проблемных) + настройка параметров
возможно woocommerce не настроен (он, емнип, может генерить на ровном месте сотни кривых запросов)
возможно ...
нашел в чем проблема касаемо вариций. Был неправильно экспортирован товар (без поля - id) только с артиклом, и тем самым он добавил дублированные вариации с одинаковыми атрибутами... Вот и тупит :)
