На винде есть bitlocker. Трукриптом пользоваться можно, но через какое-то время он перестанет работать, скорее всего, с учётом того, что винда обновляется, и API меняется с версиями винды. Веракрипт -- для домашних данных вполне можно использовать, для серьёзных данных, требующих защиты, я бы не стал -- аудита веракрипта, насколько я помню, толком не проводилось, в отличие от Трукрипта.
Системы бэкапа, как правило, имеют возможность шифровать бэкапы. Так что хранить их на зашифрованном хранилище не обязательно, достаточно зашифровать сам бэкап. В принципе, даже архиваторы умеют шифровать. Шифрование WinRAR, например, достаточно крепкое.
