Пишу диплом с разработкой проекта на PHP.
Руководитель сказал, чтобы в "Теоретической и методологической основе исследования" я указал стандарт программирования PHP и научные исследования в этой области (труды). Или в области развития Интернета и веб-сайтов.
Аааа, допёрло, у вас там после цитаты запятая лишняя походу и это не однородные члены. Получается, что должно звучать так:
Руководитель сказал, чтобы в разделе "Теоретической и методологической основе исследования" я указал набор используемых стандартов и рекомендаций PHP, и научные исследования в данной сфере. Ну или исследования в области развития web.