Можно ли сделать некоторых childNodes блока ContentEditable не редактируемыми?

Да, просто перекройте для них свойство contenteditable, установив его в false:

<div id="myDiv" contenteditable="true">
    <ul id="not-editable-todolist" contenteditable="false">
        <li>not editable</li>
        <li>not editable</li>
    </ul>
    <span>editable text</span>
</div>

jsfiddle.net/qdz75Lab/1