Своя панель управления веб-сервером как реализовать связь с файлами системы?

Появилась идея сделать свою панель типа ISP Manager на PHP
суть для начала сделать пару простых вещей:
Создание виртуальных хостов в конфиге Apache и Nginx
Собственно застопорился на этапе как создавать свои файлы(конфиги) в папке /etc/... сохранять и редактировать их если выполнением скрипта занимается www-data - ну то-есть у него прав на все директорию выше сайта.. вот интересно как делает это isp и подскажите куда вообще смотреть по поводу работы с файлами серверами в PHP-скриптах