В чем риски внедрения Яндекс метрики на внутреннем сайте компании?

А разве чтобы поставить Яметрику сайт не должен быть виден извне? Тогда это уже не внутренний сайт получится если вы будете открывать к нему доступ с внешки для Яндекса. А следовательно все те же риски что и для обычных сайтов.