Можно ли располагать весь сайт в 1 папке? shop.ru/something/
Можно, но зачем вам создавать дополнительную вложенность? Зачем вам сохранять /something/ в URL? В крайнем случае можете изменить имя каталога на что-то краткое, релевантное тематике вашего ресурса.
После something нет папок .Стоит ли логически дочерние элементы,новости->свежие новости->срочные новости, располагать таким образом: https://shop.ru/something/news/latestNews/breakingNews/ или можно оставить в нынешнем виде ?
Структура URL сайта должна быть предельно простой и понятной для людей. Лучше использовать ссылку на новость вида:
https://shop.ru/news/category/title чем
https://shop.ru/something/news/latestNews/title/
А списки "Свежих новостей", "Срочных новостей" просто выводить отдельными лентам, с анонсами и ссылками на новости:
https://shop.ru/news/latest/
https://shop.ru/news/breaking/
Или добавить специальные параметры к URL, для вывода различных вариантов сортировки новостей, по категориям или тегам.
