Обычно разделяю предметные области проекта на отдельные приложения. Если какая-то область слишком обширна, то в папке приложения создаю отдельные приложения для подобластей. Для каждого приложения - своя папка templates: это позволяет при большом количестве приложений не путаться в разросшейся иерархии директорий. Кроме того, отправляю всю обособленную статику в директории static каждого приложения: иногда для работы интерфейса пишу JavaScript приложения на Marionette - всегда знаю, где искать нужную кучу скриптов.
Для примера: пишем проект для дилерской сети по распространению и продаже автомобилей. Получается так:
./project_name/
./project_name/settings.py
./project_name/urls.py
./project_name/static/
./project_name/static/css/...
./project_name/static/js/...
./project_name/static/imgs/...
./dealer/
./dealer/admin.py
./dealer/models.py
./dealer/views.py
./dealer/urls.py
./dealer/templates/
./dealer/templates/dealer/
./dealer/templates/dealer/list.html
./vehicles/
./vehicles/admin.py
./vehicles/models.py
./vehicles/logistics/
./vehicles/logistics/models.py
./vehicles/logistics/admin.py
./vehicles/logistics/views.py
./vehicles/logistics/urls.py
./vehicles/logistics/templates/
./vehicles/logistics/templates/logistics/tracking.html
./vehicles/logistics/static/
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/main.js
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/app.js
./vehicles/logistics/static/js/app/tracking/...
./vehicles/sales/
./vehicles/sales/models.py
./vehicles/sales/admin.py
./vehicles/sales/views.py
./vehicles/sales/urls.py
./vehicles/sales/templates/
./vehicles/sales/templates/sales/invoices.html
./vehicles/sales/static/
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/main.js
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/app.js
./vehicles/sales/static/js/app/invoices/...
./static/
./media/
./templates/
./templates/base.html
./templates/...
Далее по аналогии. Если нужна какая-то мелочь - отправляем ее в соответствующее "корневое" приложение; если мелочь становится более серьезным куском функционала в рамках той же предметной области - создаем ей отдельное приложение внутри уже существующего. Все, что выходит за рамки предметной области - новое "корневое" приложение.
