Создаете для каждой опции свой input с количеством.
Дальше есть 2 варианта:
1. Используете стандартную функцию
index.php?route=checkout/cart/add
и все опции по отдельности добавляете в корзину
2. Собираете все в массив: опция => количество
и пишете свою функцию для добавления в корзину сразу массивом
Второй вариант предпочтительней, особенно если у вас много опций, т.к. будет всего один запрос на сервер.
