robots.txt это рекомендации для ПС. Могут и проиндексировать даже disallow. Обычно там закрывают дубли и сопли. Лучше сделать, работы на час. site:domain.ru набираешь в яше и смотришь всякий хлам в выдаче.
Если дизайн удачный, вырастет пф а с ним и позиции. Если неудачный будет спад. От поддоменов лучше вообще отказаться. Оставьте старые ссылки! И найдите причину плохой индексации. Дадите ссылку - распишу проблемы индексации.