Igor Kalashnikov

Jira
Из всех систем больше всего люблю Jira:
https://ru.atlassian.com/software/jira
можно SaaS, можно установить на свой сервак.
Платная
Wiki == Confuence ( платная)
Интеграция с другими продуктами Atlassian

RedMine
классика
есть все что нужно
скорее всего его и возьмете :))

YouTrack
от JetBrains
выглядит: https://youtrack.jetbrains.com
для 10 юзеров бесплатна

Trello
пользуюсь для организации своей работы
просто и удобно
SaaS

ИМХО, рефакторинг нужен, главное понимать зачем он нужен и решает ли это ваши проблемы или проблемы клиента. Если ваши - тогда делаете "по тихому", закладывая в эстимейты, если решает проблемы клиента -- можно попытаться это дело продать "отдельно", но и ответственность придется брать "отдельно", а оно вам надо?

Ставьте сроки повыше, объясняя повышенной запутанностью кода, и предлагайте, что можете навести порядок за столько то, и клиент выиграет уже через столько-то.

мне импонирует вот такой способ: Существует ли такая практика?

на зарплату это имеется ввиду в офис?
имхо, в офис лучше брать:
если квалификация низкая и человек нужен много, тогда можно будет его контролировать жестче
если вы как менеджер откровенно слабый, слабый менеджмент по моим наблюдениям боится распределенные команды, из-за проблем с контролем. А так в офисе все сидят, значит работают :)

вы уверены что вам нужен договор о неразглашении? вы уверены что он действительно сработает если у вас там чтото то что можно украсть и заработать миллион? в нашей стране?
каждый такой разговор об NDA просто смешон.

а нанимайте, как нанимаете себе ремонт дома людей делать.

UPDATE
почитал ниже коменты,
неважно сколько будет у вас людей и какой проект, должен быть 1 опытный. Если не хватает своей экспертизы, то придется раскошелится, иначе это все будет напоминать русскую рулетку.
Есть люди которые умеют и сайт и мобайл и что хошь, но вам они дорого выйдут.
Понту чувака, который мобильные приложения делает, привлекать для вордпресса? Такое имеет смысл если у вас все серьезно, и нужен нормальный бекенд и архитектура, и масштабируемость.

поэтому наймите Мобайл мидла и студента на вордпресс, это ваш минимум.