У меня всегда возникает вопрос. Что такое "нормальная организация сети?" Вот какое-то время назад я был в офисе "Хабра". Там везде стояли iMac-и, десятки белых компов. Бедные люди по-вашему. Никакой организации сети )
Linux — это мудрое решение. Парень получает опыт, компания экономию и безопасность с надежностью. Я бы предложил отказаться от Домена, Поднять на сервере ProxMox -- а в виртуальных машинах разные сервисы: от NASa, до почты и почтовика. Посмотреть в сторону Docker -- там есть уже готовые шаблоны контейнеров с установленными сервисами.
То есть порядок такой Prox --> vm (Ubuntu/Debian/CentOS/FreeNAS и т.п.) --> Конейнеры (Docker)
В конце-концов, где-то в vm и венду придется поставить для того же NOD32, если у него нет Linux-сервера (у DrWeb есть)
Докер не обязательно, можно оставить на потом.
И еще: вопрос, как мне кажется, звучит не корректно. Собрать сервер — это вопрос железа. "Развернуть сервер" было бы правильно.