Почему зависает 1с в терминале?

cckfnn: Тогда надо больше подробностей: - какая версия 1с, какая конфигурация, какая сессия терминала - десктоп или приложение?

Почему зависает 1с в терминале?

Угу, естественно модальное, но то что вы пишите получится только в remote desktop сессии, если 1с работает как remote application - то увы, такой фокус не проходит :( Изредка помогает, разрыв сессии с последующим к ней подключением, но не всегда :(
У Citrix-а кстати такой проблемы не наблюдается, только у родного майкрософтовского терминала, независимо от версии - я начинала работать с 2000 и до 2012r2 это проблема сохраняется.
Топикстартеру могу только посоветовать либо искать возможность перейти на Citrix XenApp, либо озадачить своих 1с программистов исключить модальные окна, если это обычное приложение. Если же конфа в режиме управляемого приложения - отказаться от использования терминала в пользу публикации на вебсервере...