Все библиотеки, которые работают с юзерботами, обращаются к 
Telegram API. То есть все они имеют одинаковые методы для работы с Телеграмом, но отличаються синтаксисом и т.п.
Проблема заключается в том, что какие-то библиотеки последний раз обновлялись давно. Вот например последнее обновление 
Pyrogram было аж 10 месяцев назад (
Github), а вот 
Telethon обновляется постоянно (
Github).
Для ответа на вопрос что лучше, я потестил 
Telethon и понял, что в нём очень сложно разобраться. Сначала я думал, что в документации ничего не сказано про методы, но потом нашёл 
Telethon API с примерами кода и разобраться было чуть легче.
Но проблем было гораздо больше с установкой. Чтобы установить 
Telethon нужно сначало установить 
wheel. Потом после ввода номера телефона и создания файла сессии, у меня отсоединился аккаунт от других устройств (
решение).
И последнее замечание - к сессиям. Во-первых сессия, созданная 
Pyrogram, не может использоваться в 
Telethon и наоборот. Во-вторых 
Pyrogram создаст файл один раз, и потом можно будет обращаться только по имени этого файла, а 
Telethon всегда нужны будут 
api_id, 
api_hash, 
device_model, 
system_version и 
app_version.
Перед нами выбор: простой синтаксис и документация, но не обновлённый - 
Pyrogram или пройти через несколько проблем с началом работы, но содержащий новые методы - 
Telethon. Ответ простой. Всегда используй 
Pyrogram, но если будут нужны новые методы, которых нет в 
Pyrogram, то используй 
Telethon.