zealotous

Мне очень понравился YateClient yateclient.yate.ro/
OpenSource, написан на C++ Qt4.
Интерфейс приятен, минималистичен. Работает по Linux, Windows, MacOS X.
В боевых условиях его не использовал.

Можно установить свой собственный сервер owncloud.org/ «Свой Dropbox».
1) Просто устанавливается сервер (Windows, Linux, Mac; нужен веб сервер и PHP), *по сравнению с Novell iFolder,
2) есть веб интерфейс для просмотра файлов, картинок, прослушивания музыки.
3) клиент синхронизации для Windows, Mac, Linux, Android(пилят, на дату 2012.07).

>Порекомендуйте книгу или ресурс о системном администрировании сетей с парком ПК на разных ОС
Таких книг нет, можешь не искать.

>Сталкиваюсь с рядом необъяснимых проблем
Проблемы вполне объяснимые.
Для начала почитай на Wikipedia.org информацию, о том как работает механизм определения ip адреса по имени компьютера в Windows сетях (подсказка, Browser service/Обозреватель компьютеров сети).

Почитай книги по администрированию Windows сетей и книги «по сетям».
Например: Todd Lammle CCNA Fast Pass, Microsoft.Press.MCITP.Self.Paced.Training.Kit.Exam.70-642 и Microsoft.Press.MCITP.Self.Paced.Training.Kit.Exam.70-641.