zhdoon, git status ничего не говорит о конфликтах внутри файлов. Все конфликты надо просматривать самому. Лучше использовать для этого специальные тулзы, как я уже говорил. https://habrahabr.ru/post/323234/
zhdoon, тебе правильно ответили - версию кода, которая тебя удовлетворяет. Это может быть ни та, ни другая, а что-то третье, комбинированное. Когда ты сделаешь коммит, создастся merge-commit, который разруливает конфликт, поэтому в удаленном репозитории конфликта не будет.
zhdoon, git reset --hard HEAD
Чтобы пофиксить все конфликты, надо оставить одну версию кода во всех местах. Лучше в каком-нибудь гуёвом редакторе это делать. Когда пофиксишь - git add git commit. Всё.