Если система поддерживает механизм миграций — то его вам должно хватить за глаза.
Если с этим проблемы (в том числе и оффлайн решения не использовать), то можно создать папку sql, в которую отдельно положить структуру и фикстуры (данные). Ну и, соответственно, эту папку в СКВ.
Но предпочтительнее все же разобраться в первом варианте — миграции более правильный инструмент, ИМХО.
