Да наверно думали, думали, что же делать с неработающим функционалом после апдейта jquery и решили смастерить такой вот полифилл) Идею наверно взяли из старых jquery, просто сделали с другим лицом.
там на рисунке показана, где базовая линия проходит. а здесь htmlbook.ru/css/vertical-align свойство vertical-align: middle - выравнивание средней точки элемента по базовой линии родителя плюс половина высоты родительского элемента.
смотрите, почему так просходит, Вы ставите высоту header 48px и бордер 2px, а внутрь вкладываете элементы и высота у них 50px. там тоже зачем-то бордер. header должен по идее иметь высоту 50px внутренних + 2px у самого себя. Т.е. header имеет размер 52px, а Вы его обрезаете
