Как я и предполагал, это хранилось в кэше.
Решение для пользователей Ubuntu:
1. В домашней папке пользователя под которым вы залогинены находим папку .phpls и сносим всё содержимое этой папки.
Либо через файловый менеджер Nautilus
Либо через консоль: rm -rfv ~/.phpls/*
2. Переоткрываем заного папку проекта над которым работали.
Сразу предупреждаю, придется подождать некоторое время (если проект огромный) пока VS Code заного просканирует папку. В моём случае проект на полтора гига.
Решение для пользователей Windows:
Возможно стоит искать аналогичную папку на диске :C тоже в папке юзера.
