проблема отсутствует в Sublime Text 2, присутствует в WebStorm
Проблема будет для вас незаметна, если вы проверяете изменения в браузере, т.е. постоянно переключаетесь в другое окно. Возникает, когда смотрите изменения в файле, открытом в вебшторм.
Sublime Text например, сразу подхватывает изменения на диске и перезагружает файл