yttrium

for (var i in obj) цикл предназначеный для перечисления ключей объекта, иногда можно использовать для массивов, но очень осторожно.
for(var i = 0; i<a.length; i++) цикл для массивов, здесь индексы будут по порядку

UPD:
А чтобы переменную i не замыкало, её нужно передать в функцию в качестве аргумента

function func(i){
    return function(){
        console.log('Переменная i = ' + i + ', тип ' + typeof i);
    }
}
for(var i in [9]) {setTimeout(func(i),0);}
for(var i in {1:2}) {setTimeout(func(i),0);}

в хроме выдает
Переменная i = 0, тип string
Переменная i = 1, тип string
Как видим оба значения типа string. Это происходит потому, что цикл "for in" приводит ключи и индексы к типу string

Передача данных через замыкание это норма для JavaScript

как переименовать каталог в ворде?

если лень писать - используйте coffeescript
смотрите раздел "Оператор проверки существования"

асинхронно

checkID: function(id, callback) {
        this.db.transaction(function (tx) {
            tx.executeSql("SELECT * FROM black WHERE id = ?", [id], function(tx,result){
                    var answer;
                    if (result.rows.length > 0) {
                        //document.querySelector('#status').innerHTML += '<p>' + result.rows.item(0).link; + '</p>';
                        answer = {"id": result.rows.item(0).id, "link":result.rows.item(0).link};
                    } else {
                        //document.querySelector('#status').innerHTML += '<p>Не найдено</p>';
                        answer = {"clean": true};
                    }
                    callback(null, answer);
                },
                function (tx, err) {
                    callback(err, answer);
                }
            );
        });
    },

использовать так

obj.checkID(id, function(error, answer){
    if (!error)
        console.log(answer);
});

UPDATE
Как правильно заметил @lexxpavlov локальные переменные должны быть объявлены локально с помощью var.
Ещё важно то, что бы callback сработал и в случае ошибки, и вернул соответствующее значение

CSS3 умеет так делать
Для вашего случая примерно так

#mydiv {
    -webkit-animation: myAnimate 5s; /* Chrome, Safari, Opera */
    animation: myAnimate 5s;
}

/* Chrome, Safari, Opera */
@-webkit-keyframes myAnimate {
    from {
      background: -webkit-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(180deg, red, blue); /* Standard syntax */
    }
    to {
      background: -webkit-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(0deg, blue, red); /* Standard syntax */
    }
}

/* Standard syntax */
@keyframes myAnimate {
    from {
      background: -webkit-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(180deg, red, blue); /* Standard syntax */
    }
    to {
      background: -webkit-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(0deg, blue, red); /* Standard syntax */
    }
}

Вернее вместо #mydiv задать свой класс, например, myAnimationGradient. и в необходимый момент производить $myTargetElement.toggleClass('myAnimationGradient')