Так делать нельзя.
Apache сам умеет перезапускать child процессы, параметр MaxRequestsPerChild (см. гугл).
MySQL начинает потреблять больше памяти потому что при запросах некоторая часть данных попадает в память чтобы в следующий раз быстрее ответить. И потребление памяти помогает повысить производительность.
Nginx является связующим между внутренними процессами сервера и пользователями, он должен работать круглосуточно и поэтому работа с памятью там очень хорошо проработана, посмотрите модули и конфиг, может проблема в каких-то кешах.