Если и крон-скрипт, и роут /api/check.php - это части одного веб-приложения, тогда есть смысл избежать HTTP-запроса, если это возможно.
Лучше вынести логику проверки регистрации в отдельный метод, условно User::isRegistered(), и использовать его и в крон-скрипте, и в api.
