Покажи результат выполнения команды
ssh -T git@github.com
и
git remote -v
Через ssh-keygen создал пару ключей.
Получается раньше ты с репозиторием работал без ключа? Или ты сгенерировал новую пару ключей? Если ключей несколько, то git пытается брать ключ с именем по умолчанию если не указать иное.