Если не ошибаюсь, то достаточно просто указать путь типа 'src/**/*.*'
Пересмотрел вопрос :)
Плагин
gulp-rename делает то, что Вам нужно. Там в документации это описано: можно на лету поменять путь указанный в gulp.src (например заменить sass на css).
У меня это выглядело вот так:
var gulp = require('gulp'),
sass = require('gulp-sass'),
rename = require('gulp-rename');
gulp.task('sass', function () {
gulp.src('./src/**/*.scss')
.pipe(sass({
includePaths: ['./src/']
}))
.pipe(rename(function(path){
// path.dirname = 'module-a(b)/sass' - это то, что задано в gulp.src
path.dirname = path.dirname.replace( "sass", "css" );
// path.dirname = 'module-a(b)/css' - а теперь мы поменяли так, как нам нужно
return path;
}))
.pipe(gulp.dest('./src/')); // и тогда все сложится в src/module-a(b)/css - в нужную папку модуля
});
gulp.task('default', ['sass']);
Но там уже как душе угодно можно плясать.