юнит тесты - это тесты которые тестируют юниты (то есть подразумевается хоть какая-то степень изоляции, от полной (когда все замокано) до не очень полной (если мокать все не сильно удобно)).
В случае с логикой контроллеров у вас инфраструктура и бизнес логика связаны сильно, потому ваш путь - функциональные и интеграционные тесты. (ибо на данном этапе вынести все в сервисы и изолировать не особо то получится за разумное время).
По вашим пунктам - делайте так, как вам удобно. Ну то есть суть всего сводится к тому что бы с кодом вашего приложения было удобно работать. Тесты это способ упрощения внесения изменений в код. Если вам из-за тестов не удобно - надо придумать как сделать так что бы было удобно (либо у вас что-то не так с тестами либо с кодом, раз его не удобно тестить).
