yabivipil

Сделал следующим образом:
1. Сделал jqueryStub

define('jquery', [], function(){
    return window.$;
});

2. webpack.config.js

module.exports = [
{
...
	plugins: [
		new webpack.ProvidePlugin({
			$: 'jquery',
			jQuery: 'jquery'
		})
	]
},
{
...
	plugins: [
		new webpack.ProvidePlugin({
			$: __dirname + '/web/js/jqueryStub',
			jQuery: __dirname + '/web/js/jqueryStub'
		})
	]
}
];