Если это так, то у вас в корневой папке должна быть скрытая папка с названием .git. Удалите её. И все лишние папки с таким именем тоже.
Такая папка должна быть только там, где вы инициализируете git.
Очевидно, что вы не совсем понимаете, что такое ветка. То о чем вы говорите сейчас относится к проекту.
В вашем случае весь ваш проект - это один репозиторий.
Ветка - это своего рода отдельная версия вашего проекта. Когда вы вносите изменения в свой проект - вы должны сперва создать ветку с этими изменениями.