Составляйте договор, где все очень четко расписанно, в том числе и желания клиента задокументированы. Предоплата не возращается, при отказе заказчика - он обязан оплатить стоймость выполненных работ. Все изменения - почасовая оплата. Могу скинуть свой договор :) правда я из Эстонии, и некоторые вещи прийдется подредактировать.

Я обычно стараюсь не писать один длинный код, именно для того что-бы такого небыло. Я его специально разбиваю на функции, страницы.