Сразу бросилось в глаза:
Плюсом считаю, что можно к такой схеме получать доступ по фтп, чего не будет у первой.
А кто сказал, что к виртуальной структуре нельзя сделать FTP-доступ?!) Правда, придётся свой FTP-сервер написать, который понимает вирт. ФС и то при условии, что существующих не будет достаточно: они как правило позволяют делать виртуальные папки пользователей на основе правил конфига, но в базу лазить (в своём большинстве) не умеют.
Лучше использовать виртуальную ФС потому, что Вы не будете "привязаны" к ограничениям файловой системы (кол-во всего каталогов/файлов, макс. глубина вложений и прочее) и сможете легко шардировать хранилище на несколько серверов с учётом бэкапов, отказоустойчивости/RAID и т.п.