1. Регистрация пользователя на сайте (двухфакторная, SSL/TLS) - по клику из почты сохраняем токен на клиенте.
2. После захода пользователя по токену и попытке скачать сертификат - шифруем файл на сервере с помощью токена и парольного хеша.
3. На клиенте расшифровываем токеном и парольным хешем, который формируем после того, как пользователь введёт пароль.
Таким образом, двухфакторная регистрация (сайт+почта, всё через SSL/TLS) и никогда не пересылаемый клиентский токен, позволяют максимально обезопасить сертификат от MiTM-атаки.