Во-первых, необходимо определиться, какой из этих двух плагинов выводит данный автокомплит, т.к. jedi-vim во многих случаях конфликтует с python-mode, о чем и сказано в
документации. Иногда это проявляется в диких тормозах автокомплита, а иногда и в самом автокомлите.
Во-вторых, для корректной работы jedi-vim с Python 3, необходим Vim с +python3, т.к. в своей работе он использует "py3file" и "python3" команды. Убедиться в поддержке python3 можно через vim --version, либо вызвав :python3 в самом редакторе.
В-третьих, для комфортной работы лучше всего запускать Vim из соответствующего виртуального окружения с необходимой версией Python интерпретатора, т.к. та же pylama (либо как внешний плагин, либо из комплекта python-mode), в случае если Vim собран с +python и +python3 одновременно, в некоторых ситуация может выдавать весьма занятный вывод линтинга.