Всё довольно просто. Если пользователь перейдет по подобной ссылке и что-то напишет боту, то в объекте сообщения помимо остальных параметров (id, date и т.д.) вернутся так же ref и ref_source. Подробнее про объект сообщения можно почитать тут. Подробнее про передачу параметров с помощью vk.me можно узнать тут