Не надо копировать всю папку пользователя вместе со старым мусором…
Будет надо больше времени на очистку чем на сохранение.
Для переноса вам понадобиться скопировать папки только нужных программ из этих расположений (перейдите в них с помощью Win+R):
%programfiles%\%MyProgram%
%programfiles%\Common Files\%MyProgram%
%appdata%\%MyProgram%
%localappdata%\%MyProgram%
%allusersprofile%\%MyProgram% (Documents And Settings\All users для ХР, C:\ProgramData для Vsita и 7)
И расположить их там же в целевой системе.
Дальше нужно сохранить параметры реестра из веток:
HKCU\Software\%MyProgram%
HKLM\Software\%MyProgram%
Вместо %MyProgram% подставьте название программы которую переносите.
Так же могут встречаться папки с частичным названием, или названием фирмы\программа.
Если после этого программа не заработает то на рабочей системе можете отследить ее действия с помощью regmon иди filemon и скопировать файлы которые использует прога и ветки которые читает.
После этих действий программы должны заработать, но лицензия может не сохраниться.
Удачи!
