wisgest

Условие (RewriteCond) нужно, если изменилось только доменное имя, но сайт остался на том же месте и просто стал обслуживать запросы по ещё одному доменному имени, иначе получится порочный круг перенаправлений (на себя будут перенаправлены и запросы к новому имени). Если для старого имени выделить отдельный хост, то перенаправление надо будет настроить только на нём и его можно будет сделать уже безусловным (и будет проще сделать при помощи Redirect, а не RewriteRule).

Redirect 301 https://example.com/plotternaya-rezka https://www.example.com/

А документацию хоть пробовали читать? В пути источника перенаправления не указываются протокол и хост:

Redirect 301 /plotternaya-rezka https://www.example.com/

Есть, например, LimitRequestBody.

Попробуйте

RewriteCond %{REQUEST_URI} =/register/user_type
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(?:subdomain\.|)(.*)
RewriteRule "" %{ENV:PROTO}://subdomain.%1/register [R=301]

— вместо %1 в третьей строчке подставляется, то что попадает в (.*) во второй.

Имеется сайт допустим site.ru если перейти на несуществующую страницу например site.ru/ololo01, то автоматически перенаправляет на site.ru/404.

Как это у вас получилось?
Если вдруг у вас в .htaccess задано
ErrorDocument 404 http://example.com/404.html
исправьте на
ErrorDocument 404 /404.html
(уберите протокол и хост).

добавил в корень public_html пустой файл .htaccess

Его размер был 0 байт? Думаю, нет. Вероятно, он был сохранён в кодировке UTF-8 с BOM (или, даже, в UTF-16).

Пожалуйста, будьте внимательны при редактировании файла .htaccess! При сохранении такого файла в кодировке UTF-8 в нём не должно присутствовать BOM-сигнатуры.

Проверять Referer на то, что ссылка была нажата на странице apples.example.com/index.html и при совпадении перенаправлять:

RewriteCond %{HTTP_REFERER} ^https?://apples\.example\.com/index\.html(?:$|\?)
RewriteRule ^$ http://example.com/

Роботов, принимающих в расчёт robots.txt не мало и появляются новые. Как вы им хотя бы дадите понять, что им доступ запрещён? Просто не следует помещать в robots.txt ссылки на секретные разделы сайта, — если на них нет входящих ссылок, то порядочные роботы туда не полезут и без robots.txt.

Можно попробовать по User-Agent, но его легко подделать:

# User-Agent большинства роботов содержит токен, заканчивающийся на "bot"
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} !bot\b [NC]
# Дополнительно перечисляем характерные участки User-Agent, не удовлетворяющих предыдущему условию
# (список можно продолжить...)
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} !\b(yahoo\.com|baidu\.com)/
## или так
#RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} !\b(Slurp|Baiduspider)\b
RewriteRule ^robots\.txt$ - [R=404]

RedirectMatch ^/brand/(.*) /remont/remont_forsunok_$1.htm

Как я понимаю, через %{QUERY_STRING} запросы, заканчивающиеся на одинокий знак вопроса, невозможно отличить от таковых без оного, но можно воспользоваться переменной %{THE_REQUEST}, содержащей полный запрос (см. httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_rewrite.html#rew...):

RewriteCond %{THE_REQUEST} ^\S+\s+/\?\s
RewriteRule "" http://example.com/? [R=301,L]

Что касается http://example.com/ и http://example.com, то второй адрес браўзером преобразуется в первый и на сервер поступает ничем не отличимый запрос, так что перенаправлять нечего.

Если требуется преобразование «на лету» с помощью .htaccess, вероятно, следует смотреть в сторону фильтров в Apache. Больше ничего сказать не могу.

example.com/d/.htaccess будет влиять только на example.com/d/.

Возможно, не хватает RewriteBase.

Но я бы сделал так:
Redirect 301 /5/domain.ru/ /

Возможно в httpd.conf запрещено изменение настроек с помощью .htaccess, а, может, у вас и не Apache вовсе.
Запретить просмотр каталога? — Поместить в него index.html, пустой или с ругательством.
Файлы, не предназначенные для доступа по http, лучше всего располагать вне DOCUMENT_ROOT.

Вероятно, как-то так:

RewriteCond %{HTTP_ACCEPT} \bimage/webp\b
RewriteRule ^(.*)\.jpg $1.webp [R]