Является ли это "дурным тоном"?Да, магазин — не некоммерческая организация.
Влияет ли как то на SEO?Поисковыми системами доменная зона, как мне известно, учитывается только для определения региональности. .org указывает ПС, что у сайта её, скорее всего, нет. Если это не так, используйте лучше зону с кодом страны.
We offer to domains for free
<…>
Anonymous registration of domain (Whois protection)*
* if domain offers (it's not possible for CZ, EU etc.)